أما بالنسبة للمخطوطات، فلا توجد من هذا الكتاب أي مخطوطات قديمة، أصلية أو منقولة عن أصل. لكن هناك العديد من المخطوطات الجيدة، التي تبدو أنها مكتوبة في القرون القليلة الماضية، بعد نهاية الألف الهجري.

من ضمن هذه المخطوطات، نسخة جيدة مكتوبة بخط حديث واضح تقع في مجموع "ولى الدين 1821" من الصفحة 238 إلى 244، وهي التي اعتمدنا عليها في هذه الطبعة.

وهناك مخطوطة أخرى ضمن مجموع: "إسماعيل صائب 1197" (الرسالة الثانية)، لم نتمكن من مطالعتها. (؟؟؟)

كذلك قارنَّا النص مع مخطوط (؟؟؟ يبدو من إيران!) ...

وأما مخطوط مكة المكرمة الذي يحمل الرقم 3939، فهو يتضمَّن كذلك الرسائل الثلاث، ولكنَّه مكتوب بخط غير واضح.

هناك كذلك مخطوطة لهذه الكتاب في دار الكتب الوطنية في تونس، تحمل الرقم 8572 الصادقية، ولم يتسنَّى لنا مطالعتها.

هناك كذلك مخطوطة مكتبة الأوقاف العامة في بغداد، يحمل الرقم 7071 مجاميع، ولم يتسنَّى لنا مطالعتها.

هناك كذلك مخطوطة في مكتبة الأميرة فايزة، مكتبة جامعة الإسكندرية، يحمل الرقم 154561، وهو كذلك يضم جواب الزمردة الخضراء والسبحة السوداء. ولم يتسنَّى لنا مراجعته.

هناك كذلك مخطوطة دار الكتب المصرية، مجاميع طلعت 790، وهو بعنوان "المسائل الثلاث: العقل، والنفس، والهيولي"، لكنَّ بدايته ونهايته تتفق تماماً مع مخطوطة ولي الدين، ويبدو أنَّ الدكتور محمد عزب اعتمد على هذه النسخة كما ذكرنا أعلاه.

كذلك هناك نسختان حديثتان في مكتبة برلين (تحت رقم 2960 و 3001) تضمان مسألة الزمرّدة والسبحة.

وأما كتاب المسائل الثلاث، فله مخطوطة في مجموع أولو جامع 1619، وهي نسخة قديمة.

أما بالنسبة لكتاب "عيون المسائل"، والذي يمكن أن يكون هو الكتاب الأم الذي يضم هذه المسائل الثلاث، فله مخطوطات كثيرة، منها: بغدادلى 714، نافز 685، فينَّا 1910، يوسف أغا 4868 (يبدو أنها مكتوبة بخط الشيخ الأكبر، وهي ضمن مكتبة القونوي الخاصة).